新冠又发现新变种 XE，已报告 600+ 例感染

新冠又发现新变种 XE，已报告 600+ 例感染原创 丁香园 2022-04-03 09:304 月 2 日，中国台湾地区发现一例感染 Omicron XE 变异毒株的病例，该病例 3 月 18 日从捷克入境，为无症状感染者。Omicron XE 变异毒株为 Omicron BA.1 和 BA.2 亚型毒株的重组体，英国卫生安全局的最新数据显示英国境内已经发现 637 例感染 XE 变异毒株病例，最早的样本日期为今年 1 月 19 日。丁香园邀请到 美国国立卫生研究院研究学者、免疫学博士王宇歌，北海道大学神经科学硕士、微博科普大 V 庄时利和 对 Omicron XE 变异毒株进行解读：王宇歌：很多人问「新的」新型冠状病毒 SARS-CoV-2 突变株 XE 的情况。这个 XE 突变株实际只是 Omicron 的一种。英国疫情监测的官方机构 Public Health England 在 2021 年改为 UK Health Security Agency（HSA），XE 是 2022 年 3 月 25 日 HSA 报道的一些 Omicron 亚型中的一种。XE 是 Omicron 原始型 BA.1 和目前流行的 BA.2 的混合亚型，它的 Spike 基因（S 基因）为 BA.2，但病毒基因组其他基因或非编码区含有 BA.1 的序列。因此说，这是一种混合亚型（我觉得说是「重组亚型」并不确切）。这一亚型在序列进化分析 Pangolin 分析中发现的。3 月 25 日英国检出的新感染病例 XE 不到 1%，但它呈现出社区传播的特征。XE 的传播特征和 BA.2 相当，这是因为决定病毒传播的 Spike 都为 BA.2。但 3 月 16 日开始，观察到 XE 的传播逐渐快于 BA.2，为 BA.2 的 1.098 倍。其倍增系数为每周 1.65。图片但这个数据只是初步数据，尚不足以得出 XE 比 BA.2 传播更快的结论。尤其是两者 Spike 序列一致，因此从理论上可以预期其传播特征和 BA.2 高度相似。在这里我们可以暂且观望。在这里要特别致谢英国卫生部 Public Health England，即现在的 HSA，这两年对病毒序列监测的巨大贡献，全世界除了南非 NICD，几乎没有其他机构做这项系统工作。英国的分子流行病学监测是全世界做得独一无二的，没有他们，多种 VOC 突变株（包括 Alpha, Delta, BA.2）都不会被及时发现并被及时预警。另外，南非 NICD 也做出了巨大贡献，发现了 Beta 和 Omicron 两种免疫逃逸最严重的 VOC 突变株。毫无保留地说，这两个机构为人类抗击疫情做出了巨大贡献。庄时利和：目前所了解的信息有限，XE 是今年 2 月 15 日在英国首次被发现（目前也只有英国发现）。基因测序的结果表明，XE 的 ORF1a 部分更多是来自 BA.1，而其余部分更多来自 BA.2，特别是 S 蛋白部分的基因。图片早期的数据表明 XE 的增长率（growth rate）比 BA.2 快了 10%，但是后来的数据表明这一估计并不稳定，目前无法认定它更高的增长率是重组带来的优势。（关于病毒重组的更多知识，可以查看丁香园往期文章：Deltacron 双毒合一被炒上热搜，我们真的需要焦虑吗？）另外增长率不同于 R0，虽然两者都可以用来描述传染性的强弱。其实也有很多种，比如在之前广东 CDC 发表的讲去年广州疫情的论文中，用的就是 epidemic growth rate（r），r=[R0 -1]/GT）。所以 R0 反映的是病毒的内生传染性，在现实当中我们会用 Rt 更准确一些（t=time），体现各种防疫措施对病毒实时传染性的影响。Rt 和 r 都是比较容易监测的，也都反映了病毒在真实世界的传染性，但它们和 R0 确实是不同的。目前 WHO 和英国都未将其单独升级为一种 VUI 或 VOC，说明影响力暂时没有那么高（就像之前一度在自媒体上炒得很火的 Deltacron 一样），目前只需要科研人员密切监测即可

关键词： 传染性的 流行病学监测 这是一种